丙戊酸镁和丙戊酸钠从临床疗效上没有本质的区别，它们的有效成分都是丙戊酸，主要用于治疗各种类型的癫痫，也可以治疗双相情感障碍的狂躁发作。要说它们的区别，主要是丙戊酸镁和丙戊酸钠的含量不同，丙戊酸钠临床常用的有0.5g/片、0.2g/片以及丙戊酸钠溶液剂，丙戊酸镁临床常用的是0.25g/片。
另外丙戊酸镁和丙戊酸钠临床剂型上也有不同，它们有普通片剂、缓释片以及口服溶液剂。由于丙戊酸的临床疗效和它的血药浓度密切相关，所以在使用时一定要注意，选择丙戊酸钠或者丙戊酸镁时的含量，使用过程中不要随意更换药物，更换时一定要注意换算它们的含量。