小脑症的治疗，主要是以手术治疗为主。因为小脑症主要是指孩子在刚出生的时候，头围就明显的比正常同龄儿小，颅骨的骨缝已经完全闭合或者是即将闭合，而影响大脑组织的正常发育。手术的目的是通过手术来扩大颅骨之间的范围，解除颅内压增高，使受压的脑组织和颅脑神经能够得到正常的生长发育。
一般手术时机建议越早越好，六个月之内手术预后相对来说效果要好。一旦已经出现压迫视神经或者是压迫其它脑组织，可能会导致孩子出现智力障碍，这种情况下即使再进行手术，已经损伤的功能也不能够完全恢复。