核磁共振平扫加增强针对肝囊肿的诊断还比较确定，但还是注意与部分胆总管囊肿、肝包虫病、肝囊腺瘤等进行鉴别。核磁共振增强能够有效判定肝内囊肿的血液供应情况，普通肝囊肿里面是清亮的液体，在增强下并没有血液供应，一直保持低密度的情况，在增强的磁共振下对肝囊肿诊断比较明确。
此外，也可以再结合核磁共振中的MRCP，即磁共振胰胆管造影，更进一步判断肝囊肿与胆管是否有相通，并进行相应的鉴别，肝囊肿也要根据囊肿数目，与肝脏的多囊肝进行相应的鉴别。