对于肾囊肿的手术，更多采用的是去顶减压手术。过去的去顶减压手术比较大，因为需要通过腰部开刀，叫开放手术。随着技术发展，现在的肾囊肿手疏相对比较小，多是腹腔镜手术，也就是在肾脏或者腰部打3-4个洞。
打洞后通过腹腔镜的方法进行处理，创伤比较小，每个洞的直径是1-2cm，很容易恢复。做完囊肿手术后要注意卧床休息，在肾囊肿手术时要把肾脏游离一部分，游离后肾脏活动度增大，早期要让病人多躺着休息，预防肾脏下垂。
另外要注意，因肾囊肿并不是全部拿掉，而是切一部分，把鼓出来的部分切掉，可能在早期还有囊液会逐渐进行分泌，观察囊液分泌的多少、观察引流液。
部分肾囊肿可能和集合系统，也就是与排尿系统的管道相通，这时尿液会顺着切除的囊壁流出来，所以观察引流液的性状、量都非常重要。