成人细菌性肝脓肿最常见的致病菌是大肠埃希菌以及克雷伯菌，因为成人细菌性肝脓肿多并发于胆道的感染和肠道的感染，而肠道内的细菌最常见的就是大肠埃希菌，其可以通过胆管的开口逆行感染到肝内，并形成肝脏的脓性病灶。
此外，儿童的细菌性肝脓肿最常见的是金黄色葡萄球菌和链球菌，与成人的有所不同。
所以在挑选抗生素时，临床要选择对此类细菌敏感的抗生素，然后再根据具体细菌培养的结果和药敏结果，挑选敏感的抗生素进行治疗，才能够达到最有效的治疗目的。