腋下长扁平疣并没有什么危害，因为大部分扁平疣对身体健康的影响很小，主要是在美观方面的影响。但是需要注意的是扁平疣属于病毒感染，病情的轻重和患者自身的免疫力息息相关。
如果患者的扁平疣久治不愈或反复发作，也是间接提示患者的身体素质比较差、整体健康状况不佳的信号，可以去医院做系统的体检排查其他疾病，比如病毒性肝炎、HIV等。
另外，在生活上要注意休息、适当锻炼，提高自身的抵抗力，不和他人共用毛巾、脸盆等生活用品。