胃结核的治疗，首选系统性抗结核药物治疗，发生并发症或者治疗困难的时候，可以考虑手术治疗。第一个，抗结核药物治疗，对大多数胃结核患者效果良好，常用的方案是异烟肼300mg加利福平600mg，每天一次，口服，一共治疗九个月。对于耐药的患者，可以加用吡嗪酰胺、链霉素、乙胺丁醇。
对于轻症的患者，可以选用异烟肼加乙胺丁醇，治疗18-24个月。前2个月加用链霉素，过程中应该注意监测药物的副作用。抗结核治疗以后，溃疡的病变能够完全愈合，幽门梗阻者也能够得到缓解。第二个，手术治疗。手术治疗的适应症是幽门梗阻、急性穿孔、局限性穿孔伴脓肿，或者漏管，以及大出血。手术方式，也主张尽量的保守简单。