头孢克肟是属于第三代头孢菌素，而头孢克洛是属于第二代头孢菌素，这是这两种头孢菌素最大的区别。
通常第二代口服头孢菌素，以头孢克洛作为典型的代表，主要是通过抑制细菌细胞壁的合成和杀菌作用，对于绝大部分的革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌有杀灭作用，但是对于革兰氏阴性杆菌的作用要强于第三代头孢菌素，对革兰氏阳性球菌的作用要小于第三代头孢菌素。
所以头孢克肟是属于第三代头孢菌素，这类药物通常对于革兰氏阳性杆菌产生的β-内酰胺酶高度稳定，所以这种药物是属于耐酶的头孢菌素。