细菌性阴道炎不会影响HPV的监测，细菌性阴道炎是由于正常的菌群失调，导致阴道内产生过氧化氢的乳酸杆菌减少而其他微生物大量繁殖，主要以加德纳菌等厌氧菌感染为主。这种情况多发生在性活跃期的女性，可出现阴道分泌物增多，有鱼腥臭味，同房以后会加重，伴有轻度的外阴瘙痒和烧灼感。
对于女性患者，HPV感染容易导致宫颈上皮内病变和宫颈癌。其属于一种病毒感染，可以通过性交接触直接传播，也可以通过接触污染的物品进行间接传播。而细菌性阴道病不具有传染性，和自身的免疫机制有关。所以，细菌性阴道炎患者会合并有HPV感染，但并不是由于细菌性阴道炎导致的HPV感染，两者可以同时存在。
对于有细菌性阴道炎的患者，接受抗厌氧菌的治疗后，大多数一周左右可以痊愈。HPV感染通常不需要进行治疗，一般是需要通过自身的免疫功能将其自然清除。HPV的持续感染容易导致女性宫颈上皮内病变和宫颈癌，具体发病机制可能和自身免疫机制，以及HPV病毒的毒株等有相关性，目前发病机制并不是十分清楚。