口腔溃疡发生时一般并不会导致牙齿发生疼痛，所以这两个疾病一般关联性很小。当口腔内同时存在着口腔溃疡，并且牙齿也疼的时候，需要针对这两个疾病进行不同的分别处理，比如发生口腔溃疡以后，可以用一些促进口腔溃疡愈合的药物，如康复新漱口水、糖皮质激素软膏等，外用于溃疡面，可以起到促进口腔溃疡愈合的目的。
当口腔内牙齿有疼的时候，可以对牙齿进行相应的诊断，进行治疗。如果口腔溃疡就存在于需要治疗的牙齿的旁边，治疗牙齿可能会牵拉口腔溃疡，促使口腔溃疡更疼，并且迁延不愈，最好可以等一下，等口腔溃疡稍微愈合也就大概10天左右，进行相应牙齿的治疗，因为本身治牙就比较痛苦，如果口腔溃疡离治疗牙齿的部位非常近，二者互相干扰，不好愈合，所以建议是二者各自进行治疗。