脊髓空洞症的病因有多种，最常见的为小脑扁桃体下疝、寰枕交接部畸形引起的颈、髓和上胸、髓空洞，这主要是因为下疝的小脑扁桃体充满后颅窝和枕大池，造成颅腔内与蛛网膜下腔脑脊液压力分离，从而引起脑脊液循环和吸收障碍，最终形成脊髓空洞。除此之外，慢性脊髓蛛网膜炎与脊髓内肿瘤、椎间盘突出、黄韧带钙化、脊髓梗死、脊髓外伤等病因，也可以通过对这些实质性损害或压迫脊髓，影响脑脊液循环的机制，引起脊髓空洞症。