有的酒喝了头疼是因为酒精从食管被吸收到胃后，会迅速转移到肝脏，在肝脏中乙醇脱氢酶的作用下分解成乙醇，乙醇会在肝脏乙醛脱氢酶的作用下转化成乙醛。乙醛是一种非常有害的物质，会造成毛细血管剧烈扩张，微循环通透性增加，尤其是以头部微循环为主，因此产生头部剧烈疼痛。
所以如果体内乙醛过多或酒精中乙醛含量过多，会产生剧烈的头疼，尤其是高度酒，含乙醇较多的，会大量分解出乙醛。非纯粮酿造的酒，其酒精浓度高，也会迅速转化成乙醛，导致头部疼痛。