头孢菌素是一大类比较常用的抗菌药物，可以影响细菌细胞壁的合成从而起到杀菌作用，因此在临床上会将头孢菌素用来治疗各种各样的细菌的感染。
这些感染的部位可以分布在人体的各个方面，比如上呼吸道的感染，像咽炎、扁桃体炎、鼻窦炎；下呼吸道感染，像支气管炎、肺炎；也可以是泌尿生殖系统那些感染，比如尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎、前列腺炎。
也可以是肠道的感染，比如痢疾、肠炎；也可以是胆道系统的感染，比如胆囊炎、胆管炎；也可以是中枢神经系统的感染，比如脑膜炎、脑炎、脑脓肿。