肥厚型的心肌病目前整体的治疗，包括药物治疗和非药物治疗，如下：
第一、药物治疗，常用的药包括β受体阻断剂和非二氢吡啶类钙离子拮抗剂。β受体阻断剂的代表药物，如倍他乐克、比索洛尔，非二氢吡啶类钙离子拮抗剂首选维拉帕米，如果维拉帕米不能耐受可以选择地尔硫䓬。
第二、非药物治疗的方法，首先，生活方式方面的干预，避免剧烈的运动，每年定期复查心脏超声。其次，可以考虑介入治疗的方法，解除肥厚梗阻型心肌病流出道梗阻的情况，如经皮的室间隔消融术、外科肥厚室间隔的切除术，或者植入永久的起搏器，通过调整参数，缩短房室间隔的传导时间，短于窦性心律PR间期，改善流出道的梗阻。然后，肥厚梗阻性心肌病主要的风险是猝死，但为了减少猝死，可以预防性植入埋藏式心脏除颤器，也就是ICD。