肺栓塞最常见的原因就是下肢深静脉的血栓，主要的诱因包括外科手术、长期制动、长骨的骨折，以及患者有慢性心肺系统的疾病。临床上的用药，包括避孕药也可能会诱发血栓形成，进而堵塞肺动脉形成肺栓塞。总的来说，血栓形成主要有三个方面的因素，主要是血流停滞，以及它的高凝性和血管内皮的损伤。
长期卧床、心功能不全、肥胖、妊娠静脉曲张等情况容易发生血液淤滞，而外科手术、烧伤、创伤后经常会引起静脉损伤，易引起下肢静脉血栓的形成和肺血栓栓塞症。还有一些病本身能够引起凝血和纤溶系统的异常，容易引起静脉血栓和肺血栓栓塞症，如抗凝血酶原、蛋白C和蛋白S以及纤溶系统中的某些成分缺乏等。因此，在生活当中要尽量避开肺栓塞的高危因素，比如骨折创伤手术后避免长期卧床，肿瘤的患者也容易形成栓塞，可以预防性的用抗凝的药物，要注意口服避孕药的时候也容易诱发血栓。