甲状腺癌碘-131治疗的次数并没有严格的规定。当首次治疗结束后或者每次治疗结束后会进行全面评估，包括甲状腺球蛋白的测定和甲状腺碘-131全身扫描的结果分析，会决定还需不需要进行下一次治疗。
如果治疗以后甲状腺球蛋白仍然处于高位水平，或者碘-131全身扫描没有发现明确的摄碘灶，说明甲状腺癌的转移灶有可能已经不摄碘或者失去了高分化的属性，这个时候再进行碘-131治疗的意义就不大，因此就会转化为碘难治性的甲状腺癌。对于碘难治性甲状腺癌，临床不建议进行碘-131治疗，可能会转向靶向治疗或者如果可以的话会选择外科手术治疗。