不完全川崎病的治疗与完全性川崎病的治疗一样，也是通过大剂量的丙种球蛋白，加上阿司匹林的治疗作为基本原则。如果丙种球蛋白出现耐受，可以考虑加用激素或者其他的一些免疫抑制剂来进行治疗。
所谓不完全川崎病，只是临床症状相对于典型的川崎病没有那么全，可能在诊断上会出现一些延误，但就治疗来说，与正常典型的川崎病的治疗原则并无差异。目前来说，只要治疗及时，出现心血管并发症以及其他后遗症的发病率并不比典型川崎病高，所以不完全川崎病的治疗，也是使用大剂量丙种球蛋白，再加阿司匹林的治疗。