莫西沙星目前不用来治疗淋病性尿道炎，淋菌性尿道炎是由淋球菌感染尿道形成，治疗方案最多选用的是左氧氟沙星、环丙沙星、西力欣、菌必治、阿奇霉素、头孢曲松等，这些药物已经被证明确切有效。
而莫西沙星在尿中的排泄比较少，也就是在血液和组织中浓度比较高，因为尿中排得比较少，所以抵达尿道时浓度不够，主要用来治疗上呼吸道感染和下呼吸道感染，比如急性鼻窦炎、慢性支气管炎、肺炎等。
所以现在莫西沙星一般不用于治疗淋球菌尿道炎，对于患有淋菌尿道炎的患者建议还是按照既有经验选用效可靠的药物。