在结石发生的病因当中男性和女性并无明显的差别，都包括了四个层面的因素，如外界因素、个体因素、泌尿系统因素以及尿液的成石因素，外界因素包括了自然环境、社会环境等因素，个体因素包括种族、遗传、饮食习惯，代谢性疾病和药物，泌尿系统因素包括了肾损伤，泌尿系统的感染、梗阻、异物等。这些因素最终都导致尿液中的各种成分过饱和，抑制因素降低，滞留因素和促进因素增加，导致结石的形成，其中代谢性的因素，包括了尿pH值升高、高钙血症、高尿酸血症、高钙尿症和胱氨酸尿症等。
药物引起来的成石因素包括两类：一类是能够诱发结石形成的药物，如钙补充剂、维生素D等。另一类是溶解度低，在尿液浓缩时析出可以形成结石，如磺胺类的药物，尿路梗阻感染、异物等是诱发肾结石的局部因素，而梗阻感染和结石因素可以相互促进，各种解剖异常导致的尿路梗阻是肾结石形成的重要原因，因此了解尿路结石的成分和病因，对结石的治疗和预防有重要的指导意义。