睡醒后全身酸痛的原因有很多。一、过度运动后，体内代谢的肌酸过多，在体内进行聚集，不能及时分解，造成全身酸痛。二、感受风寒、湿邪后，外邪与机体正气交争于营卫之间，人体会觉得酸痛。三、风湿因子作用于四肢关节，使其代谢失常，分泌异常因子所致酸痛。四、发烧。人在发烧过程当中，全身都会有一种酸痛的感觉。出现上述情况之后，建议患者查明原因，必要时到医院做全面检查，只有对症处理才能分辨。