跖疣可以用液氮冷冻或电灼，激光等物理方法治疗。也可以用药物维a酸软膏，他扎罗汀乳膏外涂等每日或隔日外用。也可用氟尿嘧啶软膏点涂在疣体表面。
对于难治的患者，可以用0.1%的博莱霉素生理盐水和0.5%的氟尿嘧啶，加2%的普鲁卡因注射剂混合0.5ml，在损害的局部进行封闭治疗，每周一次，连用2-3次。
对于反复发作的患者，可以用一些增强免疫力的药物，比如转移因子，胸腺肽胶囊等。平时要注意鞋袜的消毒，防止传染。