宫外孕保守治疗主要是药物治疗，其中甲氨蝶呤为首选药物，甲氨蝶呤属于四氢叶酸拮抗剂，可以干扰胚胎的DNA合成，使滋养细胞分裂受阻，胚胎发育停止、死亡，所以对于患者来说，痛苦比较小，副作用也比较小，不增加妊娠以后流产的畸形率和流产率，对于治疗早期输卵管妊娠是一种比较安全、可靠的方法。
一般用药方法为用药1次/周，按每公斤体重或者体表面积计算用量，在应用甲氨蝶呤治疗期间，需要每间隔复查血清β-HCG和B型超声，确定用药效果，如果用药效果比较好，HCG下降正常，不需要再二次用药。如果β-HCG下降不理想，可以再次给药。另外，用药期间需要B超观察妊娠囊的大小以及患者的生命体征，如果在保守治疗的过程中出现妊娠囊破裂出血，需要急诊行手术治疗。