太田痣属于一种先天发育异常所导致的色素性的皮肤病，太田痣的发病机制不明确，有一部分可能与遗传有关，但是多数还是一种先天性的色素异常，具体就是在胚胎发育过程中，黑色素细胞由神经嵴向表皮当中迁移，因为受到某些因素的干扰，部分黑素细胞没有到达表皮和真皮交界部位，而是停留在了真皮的浅层或者深层，在局部聚集，这样就形成了太田痣的基本病变。
由于这些局部黑色素细胞在真皮内产生黑色素，而且不容易代谢，逐渐的聚集，这样就会使局部的皮肤形成灰蓝色的外观，这就是太田痣的典型的表现，通常太田痣形成了之后，很难自然的消退，有时候随着年龄的增长还会面积扩大、色素加深，所以需要积极的进行治疗，才能将其消除。