卵巢囊肿是否严重要根据卵巢囊肿的性质来决定。卵巢囊肿可以分为卵巢生理性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿，以及卵巢的炎性肿物，还包括卵巢上皮性肿瘤、浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等等。
卵巢囊肿是否严重，要考虑它的性质，如果是卵巢生理性囊肿，这种情况是不严重的。卵巢生理性囊肿是卵巢激素水平分泌所造成的，往往在月经的后半期出现，经过2-3个周期的观察，在月经刚刚结束时进行超声复查，卵巢生理性囊肿往往会缩小甚至消失。
如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，是与女性的一些临床表现有关的，比如进行性的、继发性痛经以及女性的不孕症。因此如果发生了卵巢子宫内膜异位囊肿，同时结合有盆腔子宫内膜异位症，则需要进行积极的治疗，避免发生不孕等等严重的并发症。而卵巢炎性肿物则需要进行抗炎治疗，否则反复发作有可能会造成盆腔的炎症，甚至导致不孕症发生。