男性精液中精子的畸形率增高，原因非常的复杂，可能与以下的几个因素有关：
1、男性生殖系统的感染，比如睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等疾病，这些器官的炎症会引起精液营养缺乏，影响精子的生存环境，造成精子畸形并影响精子的运动能力、受精能力。
2、精索静脉曲张，精索静脉曲张会引起睾丸的血循环障碍，影响精子的生成，导致精子畸形、活动率下降。
3、理化因素的影响，比如环境污染、辐射、长期高温、热水浴，以及接触有毒有害的物质、重金属，还有过量吸烟、烟酒，应用药物等因素。