做肾结石的手术主要风险有以下几点：1、由于手术或麻醉的刺激，患者要承担并发心、肺、脑等重要脏器并发症的可能。2、出血的问题，手术过程当中激光能够击碎结石，也会对肾盂的黏膜出现不同程度的损伤而引起出血，特别是经皮肾镜手术时穿刺通道可以引起大出血。3、感染，结石本身伴有不同程度的感染，加之手术过程当中要不断的加压冲水，以保证手术视野的清晰，在加压的过程中，细菌的毒素和细菌可以随血行逆行导致全身性感染症状，甚至引起尿源性脓毒血症。4、结石残留的问题，腔镜碎石主要目的是碎石而不是取石，特别是输尿管软镜下碎石，因此结石排出术后还需要一定的时间，如果部分小结石残渣停留在某个肾盏有可能不会排出，或逐渐形成较大的结石。