保守治疗时临床上主要应用注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠以及头孢曲松，可联合甲硝唑或者奥硝唑抗感染治疗。因为肛周脓肿大多数是由于大肠埃希杆菌以及金黄色葡萄球菌合并厌氧菌感染引起，所以要选择敏感抗生素进行抗感染治疗。
最主要还是要根据脓液分泌物培养，选择敏感抗生素进行抗感染治疗。如果脓肿形成比较明显，甚至有波动感，应该尽早切开引流。因为只有切开引流排出脓液，才能达到更好的治疗效果。