牙周脓肿需要和以下疾病进行鉴别：
1、牙龈脓肿，牙龈脓肿一般病人得的是牙龈炎，而且脓肿仅局限于牙龈乳头或者是牙龈边缘，病人没有牙周病的病史，而且进行牙周袋的探诊没有明显的牙周袋，可能探诊深度要比较深一些，这是因为牙龈的体积增大，但是检查釉牙骨质界并没有降低，拍摄X线片也没有牙槽骨的吸收。
2、牙槽脓肿，牙槽脓肿一般都是由急性根尖周围炎演变而来，是由根尖周围的炎症不断的破坏周围的牙槽骨，引起骨膜下脓肿，突破了骨膜，又引起黏膜下的脓肿。曾经出现过自发性的剧烈疼痛，而且咬牙的时候有明显加重，没有牙周病的病史，也没有牙周袋形成。