卵巢囊肿大多数在早期没有明显的临床症状，尤其是临床较为常见的卵巢生理性囊肿，一般在体检的时候发现，而体检的时间往往是在月经的后半期，在超声检查时发现卵巢有囊性的肿物。
在临床上没有症状，建议在三个月之后月经刚刚结束的时候进行超声复查，如果在超声检查的时候囊肿消失了，就可以初步判断为卵巢生理性囊肿。
再有是卵巢子宫内膜异位囊肿，卵巢子宫内膜异位囊肿是女性子宫内膜异位症的一种表现形式，往往在早期会出现盆腔疼痛、痛经等临床表现，在妇科检查的时候可以触摸到骶骨韧带的部位有触痛结节，盆腔也可能有增厚的表现，因此卵巢子宫内膜异位囊肿在囊肿的初期可能会出现痛经的临床症状，而时间较长还可能会造成不孕等临床表现。