先兆流产最常见的是染色体异常，其次是母亲患有全身性疾病，如严重贫血、心力衰竭、高血压、慢性肾炎；生殖系统疾病，如子宫畸形、盆腔肿瘤、内分泌失调。
创伤刺激，如手术、外伤、性交过度、精神创伤；不良生活习惯，如酗酒、吸烟、吸毒等；最后是免疫因素，如孕妇体内有抗精子抗体、孕妇抗心磷脂抗体产生过多等。
环境因素，如怀孕后接触有害化学物质以及放射性等，具体的病因需要结合专科检查、子宫附件B超以及详细的生育史综合判断。如果女性反复出现先兆流产，建议孕前夫妻双方先进行染色体检查。