克罗恩病的治疗主要还是以内科保守治疗为主，主要的目标是控制炎症反应，尤其在活动期，主要通过氨基水杨酸制剂来控制。如果病变在结肠，建议使用柳氮磺胺嘧啶控制。如果是在回肠末端、结肠的等病变，一般适用于美沙拉嗪效果更好一些。
如果这类药物治疗失败，一般选择糖皮质激素控制。这类药物对疾病控制疗效较好，但是激素的问题在于一减量就容易复发，或者激素的依赖比较强。如果激素治疗无效，可以选用一些免疫抑制剂来治疗，比如硫唑嘌呤、巯嘌呤等。