霉菌性外耳道炎的治疗方法，首先要把外耳道的分泌物，比如对于霉菌块进行清理，因为霉菌性外耳道炎的分泌物增长非常快，有的时候今天清理了，可能明天又长出一堆来，所以要定期进行每天的清理。
用抗真菌药膏进行外耳道的涂抹，通常在开始的时候，清理和涂抹最好由医生和护士进行，因为清理外耳道，尤其是深度靠近鼓膜，自己用棉签清理往往会清理的不够，治疗就得不到彻底治疗。
到了医院之后，医生或者护士在窥镜下进行清理，通常清理的比较彻底，同时在窥镜下进行上药也能够上得比较深，整个鼓膜和深部都能够得到充分的上药，一般在7-10天就能够得到完全的控制。