自身免疫性的肝炎的检查主要包括三个方面：
1、确定有肝炎的发生，所以会进行肝功能的检查，在肝功能检查当中会发现患者谷丙转氨酶、谷草转氨酶的升高，或伴有碱性磷酸酶、谷酰转肽酶的升高，也提示可能是原发性胆汁性肝硬化，或者同时合并有肝癌的发生。
2、进行免疫学相关的检查，因为既然是自身免疫性的肝炎，会发现在肝功能当中，γ球蛋白会出现明显的升高。同时还要进行抗核抗体、风湿谱、抗平滑肌抗体、抗中性粒细胞抗体、抗去唾液酸糖蛋白受体抗体等检查。
3、如果要确诊脂肪自身免疫性的肝炎需要进行肝穿刺的活检，在肝穿刺活检中典型的组织学表现是汇管区大量的淋巴细胞和浆细胞浸润，对于中晚期的自身免疫性肝炎，还可以合并肝纤维化和肝硬化。