会厌囊肿主要是由于会厌黏膜的黏液腺管阻塞、喉先天性发育畸形所引起的。其中炎症刺激是后天性会厌囊肿的高危因素，先天性会厌囊肿又称为喉黏液囊肿，是因为发育期喉小囊扩大并且充满黏液所致。
后天性会厌囊肿，常因为喉的慢性炎症、机械刺激和创伤引起黏膜内腺体阻塞，分泌物不能正常排出，逐渐肿大形成囊肿。如果出现会厌囊肿比较大时，需要在全麻支撑喉镜下进行低温等离子囊肿的射频消融术。