脑囊虫病以药物治疗为主，在用药之前应先做CT或者核磁共振检查，通过脑内囊尾蚴的数量、部位制定合理的治疗方案。常用的药物有吡喹酮、阿苯达唑等，部分脑室性脑囊虫病患者需要手术进行治疗。脑囊虫在非活动期和部分退变期时无需治疗，活跃期和部分退化期的囊虫需要治疗。
在急性期，对于急性颅内压升高的患者，应当予以脱水、降颅压治疗，必要的时候进行脑室分流手术或者开颅减压术。对于过敏性休克的患者，应先进行皮下肾上腺素的应用来脱敏。对于有囊肿引起的癫痫样发作患者，应当选用地西泮、苯妥英钠等药物对抗癫痫发作。