阿奇霉素干混悬剂常规使用，以及患者的耐受性良好，不良反应发生率低，副作用不大。服药后可能会出现腹痛、腹泻、上腹部不适、恶心、呕吐等胃肠道反应，发生率明显较红霉素低。偶见患者可能会出现轻至中度的腹胀、头昏、头痛及发热、皮疹、关节痛等过敏反应，过敏性休克和血管神经性水肿、胆汁淤积性黄疸极为少见。
少数患者可能会出现一过性的中性粒细胞减少、血清转氨酶升高，用药期间如果发生过敏反应，应立即停药，并采取适当的措施，对此药过敏者禁用。由于肝胆系统是阿奇霉素排泄的主要途径，肝功能不全者慎用，严重肝病患者不应使用，用药期间需要定期随访肝功能。