栀子金花丸属于非处方药，上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现食欲不振、恶心、呕吐、腹胀、便溏等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失，如果症状严重请去医院就诊。
出现胃肠道不良反应的患者以及平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。此药药性寒凉，久服易伤脾胃，不可自行长期服药。服药三天症状无缓解应去医院就诊，服药期间忌烟、酒及辛辣食物。