连花清瘟胶囊的主要副作用是由于本身药物偏寒凉，因此老年、体弱、脾虚、便溏的人，一般不要吃得太多，或者在医生的指导下服用，以免引起腹泻、恶心、呕吐、便溏加重等等副作用。由于这个药比较偏寒凉，因此也不适合长期服用。
要注意如果是风寒感冒的患者不能够应用，比如出现了鼻塞、流清鼻涕、恶寒比较重、发热比较轻、咽干、喜欢喝热水、咽痒、咽痒而咳嗽、咳嗽咳白稀痰或痰中夹有少许的泡沫、舌淡红、苔薄白等等这样的症状，属于风寒感冒，不适合用连花清瘟胶囊。