当患者考虑为气管炎时，需要完善血常规、C反应蛋白、降钙素原、支原体抗体、病毒抗体、痰培养、胸片、肺CT的检查，评估可能感染的致病微生物，并给予相应的治疗。
如果患者考虑为细菌感染时，需要使用抗生素进行治疗，轻症者口服抗生素，重症者需要静脉抗生素。当患者考虑为病毒感染引起时，可使用清热解毒、抗病毒的药物，同时给予对症的治疗。当患者考虑为非典型致病菌感染引起时，可使用大环内酯类的抗生素或者喹诺酮类的抗生素，常用的药物包括阿奇霉素、红霉素、罗红霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等。