脂肪肝虽然不是马上致命的疾病，但是可以通过肝脏炎症的损伤和纤维化而缓慢进展。急性的脂肪肝预后比较差，脂肪肝分为酒精性脂肪肝和非酒精性脂肪肝，与非酒精性脂肪肝患者相比，酒精性脂肪肝更容易引起肝硬化、肝癌和肝衰竭等，但非酒精性脂肪肝患者，合并有代谢性综合征、2型糖尿病、心脑血管疾病的风险更高。
当肥胖、代谢综合征与酒精滥用并存时，肝病严重且进展快。当与慢性乙型肝炎等其他的肝病患者合并脂肪肝时，脂肪肝患者合并药物与中毒性肝损伤，可能会导致更为严重的肝脏损伤。