四神丸有温暖脾肾，固肠止泻作用，可以治疗脾肾阳虚导致黎明腹泻、不思饮食、消化不良，或久泻不止、腹痛、四肢冰冷、乏力、舌淡。
黎明是阳气最弱的时候，脾肾阳虚阴寒内生，阳气当至而不至，阴寒之气极而下行，所以腹泻；脾阳虚无法运化，所以不思饮食，消化不良；阳虚不能温养四肢，所以四肢冰冷；不能化气充养四肢，所以乏力；脾肾阳虚，下焦不固，所以久泻不止。
四神丸用补骨脂温补肾阳又暖脾，肉豆蔻温暖脾胃，涩肠止泻。取吴茱萸温暖肝脾肾，以散阴寒，用生姜温暖中焦，以散水湿。