肛窦炎这种疾病不能够自愈，需要系统地进行治疗。因为肛窦的开口朝向上方，粪便容易积存而导致继发的感染，早期应该系统治疗包括注意肛门周围卫生，养成按时排便的良好习惯，坚持每天进行清洗和坐浴，避免感染加重；也可以外用痔疮栓，能够改善局部的血液循环，起到消炎和止痛的作用。在发病的急性期应该系统的进行抗炎治疗，选择广谱的头孢菌素静脉输入。另外就是注意合理的膳食，不能吃辛辣的食品和刺激性食物，也不能暴饮暴食。如果肛窦炎继发了肛周脓肿的形成，还需要及时手术进行切开引流，术后也应该继续抗感染治疗，平时可以适当进行体育运动和锻炼，增强体质，提高抗病能力。