小肠镜检查发现小肠黏膜有破溃，出现有溃疡，最大的可能就是克罗恩病。
此外，小肠的溃疡还见于小肠的结核以及溃疡性结肠炎，部分溃疡性结肠炎也会累及到小肠的黏膜，引起小肠黏膜有破溃，确定是哪一种情况需要取溃疡组织进行病理活检来明确。
如果明确为克罗恩病或溃疡性结肠炎，则需要用美沙拉嗪加整肠生或培菲康等药物治疗。
如果明确为小肠的结核，需要抗结核治疗，临床上常用四种药物联合治疗，抗结核的疗程在一年以上。在治疗期间要以清淡食物为主，不吃辛辣、油炸等刺激性的食物，肯定要戒酒。