多囊卵巢综合征的发病原因，目前不是很明确。有研究认为多囊卵巢综合征属于多基因遗传疾病，研究显示部分多囊卵巢综合征的病人存在着明显的家族聚集性，胰岛素受体基因的缺陷，可以导致严重的胰岛素抵抗，同时会伴有多囊卵巢综合征的症状。
还有的人认为多囊卵巢综合征与环境因素有关，宫内激素环境可影响成年个体内分泌状态，肥胖、高血压、糖尿病等可以增加多囊卵巢综合征的风险。多囊卵巢综合征的高风险人群就是肥胖，伴有胰岛素抵抗和高胰岛素血症，这样的患者更容易诱发多囊卵巢综合征。