临床诊断蛋白尿说明患者尿中有蛋白，尿蛋白阳性，应该积极查找引起蛋白尿的原因，根据不同的原因进行不同的治疗。若蛋白尿是由于肾小球疾病，如肾小球肾炎、肾病综合征等引起。
这时应该给予肾脏穿刺明确肾小球炎症的病理类型，根据病理类型制定治疗方案，一般应用泼尼松及环磷酰胺等药物进行治疗。若蛋白尿是由细菌感染所引起，如肾盂肾炎、肾周炎症等，应该给予抗菌、消炎治疗。
在治疗时应给予尿培养及药敏试验明确致病菌种，以选择合适的抗生素，常用的抗生素有头孢哌酮钠舒巴坦钠、阿莫西林克拉维酸钾等药物。