手足口病和疱疹性咽峡炎，这两种疾病具有很多的相似点，都是由于柯萨奇A组病毒所传染，临床的表现还有临床的治疗很多都相同。具体有以下几点不同：第一、手足口病临床上可以通过肠道进行传播，也通过疱疹的疱液进行传播；疱疹咽峡炎临床上主要通过呼吸道、消化道进行传播。第二、两者的发病部位不一样，手足口病临床上除了口腔口咽部之外，还可以出现手心、脚心等等部位的疱疹；疱疹性咽峡炎临床上主要局限在口咽部的病变，很少出现口咽部以外其它地方的疱疹样改变。第三、有文献报道这两种疾病虽然都是由于柯萨奇A组病毒传染的疾病，但是病毒的分型亚型有很多不同。