手足口病初期的临床表现并不特异，可以有类似上呼吸道感染或者是急性胃肠炎的症状，这时候患者可以表现有鼻塞、流鼻涕、打喷嚏、咽喉疼痛、精神萎靡、咳嗽，还有一部分患者可以出现恶心、呕吐、食欲下降、大便次数增多、大便性状异常等临床表现。
随着疾病逐渐发展，而后患者在手、脚和口腔里出现水疱样的疱疹，同时还有一部分孩子可以在臀部，甚至四肢也出现类似的水泡，严重的还会合并有神经系统的改变，比如说患者会出现嗜睡、昏睡、精神烦躁、性格异常。严重的手足口病还可以出现循环系统的改变，比如说合并有心肌炎甚至心力衰竭。