肛窦炎用药可以分为肛内局部给药以及口服用药。肛内局部给药，可以选择甲硝唑栓或者替硝唑栓、奥硝唑栓，局部塞肛，一天两次，一次一粒，起到局部的消炎作用。口服抗生素可以选择阿莫西林、阿奇霉素、左氧氟沙星、罗红霉素等等。
口服给药需要注意一点，有的人有青霉素过敏，此时一定要避免选用青霉素类的消炎药口服。如果有过敏的情况，选择这种药进行口服，会导致过敏反应，严重者可以导致死亡，一定要注意。
如果有过敏的情况，可以选择非常安全的一种抗生素，就是罗红霉素片。肛窦炎如果用药之后，症状仍然没有缓解，比如仍然会觉的肛门部坠胀感、灼热感、疼痛感，此时需要及时到医院就诊，如果不就诊，肛窦炎病情往后发展，可能会诱发肛周脓肿。