治疗神经衰弱的药物，必须在医生医嘱下，在医生的专业评估后，严格执行医嘱来使用。治疗神经衰弱的药物包括抗抑郁以及抗焦虑药物，抗抑郁药物为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，例如帕罗西汀、氟西汀、西酞普兰、舍曲林等等，这类药物是目前一线的抗抑郁药物，可以长期治疗和改善患者的抑郁症状。
抗焦虑药物则包括苯二氮䓬类药物，例如氯硝西泮、地西泮等，这类药物具有明确的抗焦虑障碍作用，安全性高，目前被广泛使用。另外，5-羟色胺部分激动剂，比如丁螺环酮也是适用于抗焦虑障碍、抑郁焦虑混合状态，以及难治性抑郁的一线药物。