PET-CT检查并不能查出所有的癌症，有一些癌症对于PET-CT所用的药物摄取并不多，也就是并不敏感，比如常见的原发性肝癌、肾的透明细胞癌、胃的黏液腺癌等，以及细支气管肺泡癌，都属于摄取药物很少的癌症，常常会造成误诊和误判。
还有一些癌症，当在很早期的时候由于癌症内的肿瘤细胞含量并不太高，所以对于药物的摄取量不足，在PET-CT上显影也就不明显。